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根据医学微生物学课程教学大纲的要求，《医学微生物学》设基础细菌学和临床细菌学、基础病毒学和临床病毒学4篇共39章。基础微生物学强调医学微生物的基本理论，重点阐述细菌和病毒的形态与结构、生长与繁殖、遗传与变异、致病机制与防御功能等基础知识；临床微生物学重点介绍各种细菌和病毒的主要生物学性状、致病性与免疫性，以及微生物学诊断与防治。分子生物学的发展为《医学微生物学》增添内容，引入了微生物基因组学和蛋白组学，从分子水平认识病原微生物与新型疫苗、新型抗菌药物等的研制和开发。新现和再现微生物肆疟全球，譬如幽门螺杆菌、肠出血性大肠杆菌（O157: H7）、疱疹病毒一8型和艾滋病毒等都作为《医学微生物学》的重要内容。反生物恐怖是911事件后的突出问题，故适当增加编写炭疽杆菌等与生物武器相关的内容，以增强防御生物武器的应变能力。非典型性肺炎是21世纪首场全球性传染病，新型传染病的出现是对全世界的一个严峻考验。《医学微生物学》新增冠状病毒与传染性非典型性肺炎，突出“预防为主”的方针，增强人们的防范意识。